Viele Leute vermuten gerade, dass man am Ende indoktriniert war, oder dass die Reaper versuchten, Shepard zu indoktrinieren. Bis zum "letzten Sprint" zum Transportportal war ja noch alles normal, aber nachdem man dann aufwachte wurde alles ziemlich komisch und auch unlogisch und deshalb würde diese Indoktrinations-Theorie meiner Meinung nach sehr gut passen!
Die Indoktrination soll laut der Theorie anfangen, wenn Shepard nach dem Laserstrahl des Vorboten aufwacht. Ab da sieht ja alles sehr komisch aus und ähnelt den Alpträumen, die man im Laufe des Spiels hatte. Das könnte zwar an den Verletzungen liegen, es könnte aber auch sein, dass man von dort an träumt und die Reaper versuchen, Shepard zu manipulieren. Wenn man sich sofort nach dem Erwachen umdreht, steht plötzlich ein Baum direkt hinter einem, mitten auf der Straße, so ähnlich wie in den Alpträumen! Außerdem hört man über den Soldaten-Funk, dass bei dem Angriff vom Vorboten alles in der Umgebung ausgelöscht wurde und deshalb macht es keinen Sinn, dass man in der Citadel dann plötzlich Anderson und den Unbekannten trifft, komplett unverletzt, als ob nichts gewesen wäre!
Das ganze wird danach sogar noch komischer, als plötzlich der "Anführer der Reaper" in Gestalt des Kindes auftaucht, das könnte auch ein Manipulationsversuch sein, weil Shepard immernoch Schuldgefühle wegen dem Kind hat. Außerdem ist es doch sehr komisch, dass er einem einfach so den kompletten Plan der Reaper erzählt und das Shepard alles glaubt, man kann nichts anzweifeln was das Kind erzählt. Und das Kind versucht, Shepard davon zu überzeugen die Reaper am Leben zu lassen, hat jemand von euch darauf geachtet? Das Kind erklärt es so, dass man am Ende wirklich vermutet, dass das Ausschalten der Reaper die "schlechtere" Lösung darstellt, weil er eben versucht einen zu manipulieren.
In der Theorie heißt es, dass die Indoktrinierung am Ende erfolgreich war, wenn man "Kontrolle" oder "Synthese" wählt, weil man dann vom Ziel (Zerstörung der Reaper) abgekommen ist. Wenn man allerdings "Zerstören" gewählt hat, überlebt man ja am Ende, wenn man genug Punkte gesammelt hat und das ist auch das einzige Ende, bei dem man überhaupt diese Möglichkeit hat. Und in der Videosequenz sieht man Shepard, wie er von Trümmern begraben ist und wieder anfängt zu atmen. Die Trümmer sehen den Trümmern in London allerdings sehr ähnlich und sehen überhaupt nicht aus, wie Trümmer der Citadel. Das soll also heißen, dass er laut der Theorie immernoch in London liegt und beim Zerstören-Ende quasi wieder aufwacht und die Indoktrinierung besiegt hat ...
Noch eine weitere Ungereimtheit ist ja, dass Joker am Ende mit meinen Begleitern in einem anderen Sonnensystem auf einen Planeten gestürzt ist. Wie soll er so plötzlich mit meinen Begleitern, die gerade noch bei mir auf der Erde waren, zum Massenportal beim Pluto (!) gekommen sein?