Der Grund für die Augen des Unbekannten wird, soweit ich mich an Buch 2 erinnern kann, mit Implantaten erklärt - hat also keine tiefere Bedeutung. Man muss sich ja immer eines vor Augen halten: Es wirkt auf uns unnatürlich, im Spiel jedoch wird er damit, obwohl es offenkundig sichtbar ist, aber nicht konfrontiert.
Daher gehe ich davon aus das es für den Spieler einen rein ästhetischen Nutzen hat und im Universum als normal angesehen wird.
Ob BioWare wirklich dafür sorgt das man ME3 auch ohne die Kenntnisse der Vorgänger versteht? Ich behaupte jetzt einfach mal nein. Zwar war vor Teil 2 die Aussage, man müsse Teil 1 nicht gespielt haben um die Zusammenhänge zu verstehen, doch es hat sich ziemlich deutlich raus gestellt das Spieler die Teil 1 nicht kannten, z.T. große Probleme hatten das bisherige nachzuvollziehen.
Ebenso behaupte ich mal ins Blaue das die überwiegenden Käufer des dritten Teils schon die Vorgänger gespielt haben werden - und BioWare entsprechend entwickelt. Eine Trilogie beginnt man nicht mitten drin und schon gar nicht erst mit dem Finale

Das weiß man auch dort.
Würde sich Teil 3 wirklich nur auf das Rekrutieren von Verbündenten konzentrieren und am Ende in einer Schlacht gipfeln, dann würde BioWare das Mysterium Reaper mit dem Arsch einreißen, was man in zwei Teilen aufgebaut hat

Auch bekommt man durch die Spiele ja relativ gute Angaben zur Größe der einzelnen Völker bzw. dessen Flottenumfang.
Auch wenn Spezies wie Rachni, Kroganer, Heretics oder Quarianer dort nicht aufgeführt werden, so darf angesichts der Übermacht an Reaper keinesfalls eine Chance bestehen. Sovereign sprach von Legionen (also mehrere, eine Legion hatte zur römischen Zeit um die 5.000 Soldaten) und das deren Anzahl den Himmel verdunkeln wird - das Bild am Ende mit dieser gigantischen Anzahl spricht dazu Bände.
Dann hätten wir noch den Faktor das es die ganze Citadelflotte + die der Allianz gebraucht hat um Sovereign, einen einzigen Reaper, zu vernichten. Die nötige Größe um eine Armee zusammen zu bekommen um die technologisch viel fortschrittlicheren Reaper zu besiegen, würde die bisherigen Größenanzahl der Völker doch weit übertreffen. Davon abgesehen das man Entscheidungen hat die unmittelbar Einfluß nehmen müssen. Wenn man beispielsweise die Rachni in Teil 1 ausgelöscht hat, dann können diese in Teil 3 auch nicht auftreten. Wenn man in Teil 2 die Quarianer zum Krieg gegen die Geth aufgestachelt hat, dann werden diese keinesfalls die Stärke haben können als wenn man zur Vernunft geraten hat.
Es gibt zuviele Entscheidungen die einfließen würden, die bei einer Handlung um das Zusammenstellen einer Völkerübergreifenden Armee individuell behandelt werden müssten. In Teil 2 kann man ja quasi soweit kommen das die Quarianer auf Shepards Ruf warten um gegen die Reaper zu kämpfen, indirekt wird dies jedenfalls im englischen Original so ausgewiesen. Wie sollte man also eine Rekrutierung in diesem eigentlich schon abgeschlossenen Falle erklären?
Sicher wird eine Armee bzw. wohl eher eine Flotte Teil der Handlung sein, doch ich glaube das dieser Teil klein und nicht weiter Entscheidend sein wird, da ich wie oben beschrieben einen offenen Konflikt mit den Reapern als keine Möglichkeit erachte. Eine solche Flotte wird sicher Einfluß haben, doch für das Finale bzw. für den Sieg (vielleicht erleben wir kein Happy End, wäre jedenfalls auch eine Möglichkeit) über diese Rasse, werden andere Faktoren viel wichtiger sein, dessen bin ich mir sicher
Ein Duell mit dem Unbekannten halte ich für nicht wahrscheinlich, wie in den Büchern und auch im zweiten Spiel erwähnt, war Cerberus ursprünglich eine Allianz-Abteilung die sich abgespalten hat. Der Unbekannte ist ja sein Deckname den er von der Allianz erhalten hat, aufgrund seines Alters und seines Auftretens in Buch und Spiel kann man eines festhalten - er ist kein Soldat und niemand der an der Front agiert. Er ist ein Strippenzieher und Planer. Einer ist der Mann der hinter allem steht und keiner der sich einem Kampf stellt - diese Charakterzüge darf BioWare einfach nicht ruckartig verändern und aus ihm mehr machen als er ist. Denn darin besteht sein Charme, verliert er diesen verliert er seinen Charakter.
... ach, auf ME3 zu warten und zu spekulieren kann toll werden. Mal schauen ob es auf der E3 neue Infos geben wird, ich hoffe jedenfalls das es ein Releasetermin geben wird