Das mit dem Funkverkehr habe ich auch lange nicht gecheckt. Ich schätze das ist so: Die ganze Mission ist ja eigentlich nur simuliert, auch die Funksprüche des Colonels und Rose. Die Schwester von Otacon installiert den Virus, der die künstliche Intelligenz korrumpiert wodurch man total schwachsinnige Anrufe bekommt.
Zum genauen Ablauf kann ich dir gerade nichts sagen, ist schon länger her dass ich das Spiel durchgespielt habe.
Edit: Ich habe eine ziemlich gute Seite gefunden die die ganze Story und die Hintergründe (Gene, Meme, Sense etc.) extrem gut erklärt
Klick. Olga hat herausgefunden das Ocelot für den Tod ihres Vaters verantwortlich ist und benutzte Raiden als einen Köder für die Terroristen damit Snake eine Chance bekam um Arsenal Gear zu infiltrieren.